工作流技术是20世纪90年代兴起的一项技术，目前MES制造执行系统与工作流技术的结合已经成为一种新的发展趋势。工作流管理联盟给出的工作流定义 为:工作流是一类能够完全或者部分自动执行的经营过程，根据一系列过程 规则，文档、信息或任务能够在不同的执行者之间传递、执行。Giga Group 给出的定义为:工作流是经营过程中可运转的部分，包括任务的顺序以及由谁来执行、支持任务的信息流、评价与控制任务的跟踪，以及报告机制。这些对工作流的定义是用非形式化语言对工作流所进行的描述，虽然各有不同，但基本上都达成了这样的一个共识:工作流是经营过程的一个计算机实现，而工作流管理系统则是这一实现的软件环境。这些工作流的定义分别反映了经营过程几个方面的问题，即经营过程是什么（由哪些活动、任务组成,也就是结构上的定义）、怎么做（活动间的执行条件、规则以及所交互的信息，也就是控制流与信息流的定义）、由谁来做(人或者计算机应用程序，也就是组织角色的定义）、做得怎样（通过工作流管理系统进行监控）。结合制造执行过程协调的问题分析，可见工作流技术是实现复杂过程协调的有效支撑工具。基于工作流的制造执行过程协调主要体现在以下两个方面：
1.过程监控方面
工作流在过程监控方面的体现主要是对订单乃至工号层次的执行状态和进度的全面关注。工作流与过程监控关联的基础是订单所具有的工艺流程、工号所具有的层次化订单组织结构以及订单齐套物料清单等，其展开方式以及进度状态符合工作流的应用条件。基于工作流的制造执行过程监控涉及订单、齐套、工艺三者之间的复杂关联，需要开展生产流程建模及其表达技术的研究。
2.业务协同方面
MES的业务协同主要体现为两个方面:一是从订单定义、技术准备、生产准备、下发控制、执行监控、完工人库等环节整体过程的协同，主要反映了订单的执行状态，但其中涉及复杂的人员、角色及其权限的控制；二是制造执行过程中不可避免地存在突出的技术或质量问题，这些问题的处理一般都需要经过一系列的反馈、审查、审批和解决环节才能完成。这两种业务协同流程与工作流具有直接的相关性，同样可以应用工作流技术进行过程协调。