实施过程中，每个阶段均遇到难点，如在需求分析阶段，最大的问题就是如何确定MES与ERP的功能边界，例如ERP的日计划做到什么程度，需不需要做初步排序再给MES，另外ERP的计划如果发生变更，对MES制造执行系统有什么影响，又比如在MES制造执行系统做了物料拉动，如何将拉动的物料数据传给ERP，ERP用什么单据来对应MES的物料拉动；解决这些问题时，需要MES顾问与ERP顾问，以及关键用户一起讨论，讨论时，重点是各方不能仅站在自我立场分析问题，而应该思考这个功能应该放在那里实现，对系统整体才是最有利的。

   生产计划方面ERP实施的是以批次为单位的车间生产计划，有些ERP 还具有以批次为单位的生产排程功能；而MES制造执行系统的生产计划与调度包括排程则是以具体到零件的任务执行。ERP生产计划执行的精度是批次，而MES生产计划执行的精度却细化到了零件。

   作为维系企业决策层与基础控制层的纽带，MES理顺了企业内信息流。MES是能精确调度、发送、跟踪、监控车间生产信息和过程，且同时能测量和报告其实时性能，它是实现车间生产敏捷化的基本技术手段。

   通过产品定义，产品工程师不仅可以方便地定义新产品，还可以建立客户产品与企业产品之间的关联，减少合并投料的工作量。集中规范的工艺流程定义环境，保证所有工艺；技术；工程；制造；QC在一个统一规范的环境中工作，以便于信息的及时共享，减少重复定义错误，完整的版本管理，保障工艺流程历史信息回溯。通过建立产品与工艺的关联关系，只要确定产品就能够自动确定工艺流程，随工单也可以自动生成并打印。大大减少了产品工程师的工作量，提高作业效率。

   MES对各车间设备做数据集成，将力矩机等主要设备数据汇总到MES制造执行系统，提供查询、分析功能；与车间部分自动化设备做集成，能传输车辆数据给机器人、机运线，从而指导自动化设备作业。

   系统能够约束设备的使用，设定设备的用户权限，避免由于人为判断的错误和无权限人员的操作导致的设备使用错误。生产作业中出现与目标不一致的异常品，系统可以通过WIP 管理，立刻暂停现场所有潜在批次的作业，减少损失。根据异常处理约束，系统将禁止超出约束范围的操作。现场的异常处理信息可以被迅速地传递到其他相关部门，以便于做出调整与准备。现场数据还可提供给SPC系统，帮助品质工程师及时地对现有的产品、流程进行调整，避免并预防品质事故的发生。