MES系统生产运作控制的标准是进行生产运作控制的依据，主要包括生产作业计划、各种期量标准、质量标准、工艺标准、物资与能源消耗和储备定额以及费用限额等。这些标准有的通过作业计划的编制已经确定，有的则要根据保证完成最优作业计划进行确定，如加工顺序的最优安排等。

MES系统生产运作控制标准确定后，必须及时按品种、质量、时间和进度要求分别下达到各生产单位。同时要发布各项技术操作标准以及成本、质量目标等。这些指标和标准必须明确、具体和切合生产实际。

MES系统生产运作控制标准虽然已经被下达和落实，但是，由于受到各种干扰因素的影响，在执行过程中还会产生这样或那样的偏差问题，因此，MES系统必须在执行过程中进行经常的有重点的检查和测定。检测的方法可以通过作业核算的各种记录凭证、报表来进行，如各种原始单据、生产记录、台账、操作记录等；也可以通过计量器具、电视、信号以及现场观察检测等方法来进行。

实际执行的结果与原制定的标准进行比较，其结果有三种情况：其一，实际和标准一致；其二，实际大于标准；其三，实际小于标准。第二种情况和第三种情况表明实际与标准存在偏差，MES系统偏差的准确性取决于测定的方法以及测定结果的数据信息的可靠性。对偏差产生的原因要进行科学的分析、评价，为纠正偏差提供方向和依据。

MES系统对发生的偏差进行分析后，要及时提出报告，传递给有关部门或调度人员。这实质上就是信息反馈的工作。MES系统报告形式可以是口头的，也可以是书面的，也可以用电话和自动显示装置发出相应的信号。

MES系统有关部门或人员接到偏差报告后，应及时进行分析研究，拟定纠正偏差的措施，使其恢复到标准规定的要求。若属于标准本身的问题，就应当修改计划指标、目标和有关标准。纠正偏差的措施，有的可由主管该标准的部门解决，MES系统有的需要协同其他部门共同解决。在采用电子计算机进行生产运作控制的情况下，当发现偏差后，计算机能自动发出纠正信号，指示调节。