MES系统的安全需要从多个角度进行管理，如数据、访问权限、功能权限、分析权限、数据交换、加密、身份认证等。由于内部涉及的多个子系统，外部未来也要与众多的其他系统进行信息交换，在采用专门的安全平台来保障整体安全的同时，还在MES系统制造执行系统内建立安全管理平台，与系统监控管理平台配合，主要用于维护数据与应用层面的安全，同时通过该平台维护自身的安全参数，设置防护等级与加载常用安全措施。

     MES系统信息库都是关系型数据库，建立信息库将降低车间级计算机的数据负担，同时减少了因数据保存和操作故障而引发的一系列后果。物料、定单、产品信息库可供对应的外部人员进行查询等操作，便于结成与供应商密切的战略伙伴关系。而较稳定的基础信息库为人事、财务、设备方面的日常管理提供极大的方便。生产信息库则是动态性能要求最高的，MES系统每时每刻都有大量的流动数据注入其他信息库，因此对它的设计要求也最高。这些信息库常见功能有：报表、保存与备份、恢复与删除，以及口令与权限。

     MES系统企业库存状况和需外部采购或内部调整的物料情况，部分信息与供应商共享；定单信息库：定单对产品的要求情况，部分信息与合同商共享;产品信息库：产品目录和与特定合同商联系的在制品状态，部分信息与分销商/用户共享；基础信息库：企业人员、设备状况，财会数据等企业运营的基础信息，在系统内部按照不同密级使用，还包括部分经常更新的政策、市场等外部信息；生产信息库：生产过程中人员、设备的实时变化情况等动态性要求较高的信息，以及基本不变的工艺路线等生产相关信息，外部不可见。

     MES系统车间资源的合理配里、生产优化调度和控制是实现敏捷化生产管理与运行的核心，而合理、优化的决策模型和算法是实现上述目标的关键。在目前的车间调度与控制决策中，一般采用纯数学化、模型化，计算机化的决策方法，即先建立方程式、不等式、逻辑式或概率分布函数等数学模型来反映决策问题，然后直接用数学手段或启发式算法求解以提供最优方案。以上决策方法实际上是一种“硬决策”机制，MES系统为车间管理决策摆脱依赖个人经验和能力的限制而提供了科学的决策手段，并使得决策的时效性和准确性得以提高。但在敏捷制造环境下，上述硬决策机制越来越不适应车间动态变化和充满不确定性的制造环境，甚至成为制约车间生产敏捷化的瓶颈。国内外现有MES系统中有关车间资源配置、生产调度、控制与信息系统等方面的研究开发主要基于确定性的常规信息环境，决策过程基本采用传统的硬决策理论与方法。而在实际的车间生产过程中，存在大量的不确定、不精确、不完备等非常规制造信息，而且车间制造活动中的决策往往建立在这些非常规信息的基础上，因此传统的硬决策结果难免与车间生产实际相偏离。因此，在非常规信息下的制造执行系统的研究是研究的方向，基于不确定信息情况下的生产计划与调度也是现实车间生产调度的难点。

     MES系统随着市场全球化趋势的加剧，车间生产环境越来越充满了不确定性，车间面对任何不可预测的外部变化和内部扰动能够及时地、高质量地调整。因此MES系统要求低成本地生产出满足客户需求的产品以适应敏捷制造的要求，也向现有制造执行系统的技术及系统提出了更高的要求。