MES系统在国内的应用难点有几个方面对MES项目的理解与定位的不准确与不清楚，比如有很多用户简单地将MES与“数据采集+数据展示”划上了等号，并不了解MES技术的真正用处；现有用户管理体制的限制。先进成熟的MES系统里往往集成了行业内生产管理的一些科学理念，因此从某方面讲，MES的实施是对用户生产管理体制一定程度的变革，有时，企业因为体制上的限制在接受这种管理理念变化时有阻力；MES建设未做到要立足当前、着眼未来，往往存在重复性建设。建议用户在进行MES实施前，对MES要有充分的理解，要做充分贴切的需求分析与实事求是的建设规划，并对实施MES系统后对管理体制可能造成的影响进行评估与对应；选择成熟可靠的MES产品及有实力的供应商，适当的情况下可邀请一些有经验的MES厂商或咨询公司参与项目科研分析，共同进行项目建设规划。

     质量的评定是通过内部捕捉到的失效数量和你的顾客发现的“漏网之鱼”的数量。品质的其它测量方法包括第一次通过合格率、最终产品合格率、SPC、SQC、和OEE。许多这些方法针对产品与过程质量的结合。失效与漏网是最好的量化的计量方法。从MES的逐渐推广应用，可以看出一些端倪，但是对MES的理解其实存在一个误区，大部分只停留在认为MES只是在监控车间生产的过程管理上，只是跟踪产品的生产过程而已，这也是一些行业中的很多企业认为没必要推行MES系统的原因，认为自身的企业生产过程很容易管理，加之一些行业本身工序相对简单甚至认为是完全可以看得见的。

     对于装配流程性的生产企业来讲，实现准时制的物流体系是靠拉动方式构成的，那么其核心依据是使用多少原材料，就引入多少原材料，那么处于拉式最上端也就是真实生产线上的使用量，如何反映呢，MES是一个源头，通过车间的真实使用量反馈到厂内物流再反馈到外物流，就形成了一个整体的准时化的物流模式，当然同时需要考虑到计划的因素。

     MES系统产业要以节能降耗为目标，要综合利用优化技术，突破技术难点，提高MES产品的技术内涵。同时，研究能源的传输和综合平衡调整的一般规律，建立综合能源平衡模型，提出基于模型的能源综合平衡调整技术；改变能源平衡调整过程对经验的过分依赖和盲目性实现自动分析、自动控制和自动调整，达到节能降耗的目的。通过MES系统和设备控制技术，实时采集如工序产量、过程良率、工单在制品移转状况、测试参数等详细生产过程数据，并提供汇总分析报表工具，为企业不同层面管理者的生产管理决策提供了有效依据。MES是产品生产过程的跟踪，顾客关系管理与之最为密切的体现在交货期的控制和顾客后续服务上，很显然对于一些装配较为复杂的周期较长的产品来讲，这方面的优势最能体现。